A história se passa na fictícia cidade japonesa de Sugomori. Um dia, Noriko Sonosaki diz a seu colega Katsuhira Agata, "Você foi selecionado para ser um Kiznaiver". O Sistema Kizuna, que permite Katsuhira compartilhar suas feridas, o conecta-o aos colegas, com vidas e personalidades completamente diferentes das suas. O Sistema Kizuna é um sistema incompleto para a implementação da paz mundial que conecta pessoas através de feridas. Todos aqueles que estão ligados a este sistema são chamados Kiznaiver. Quando um Kiznaiver se fere, o sistema divide e transmite a ferida para outro Kiznaiver. A cidade de Sugomori foi construída na terra recuperada, mas com o passar dos anos, a população da cidade está diminuindo.