Muitos milênios atrás, um meteoro do espaço que ameaçava destruir o mundo foi parado por Arceus, que interveio para proteger o mundo. Enquanto tentava proteger o mundo, Arceus ficou gravemente ferido e Damos (ダ モ ス) cuidou dele. Como gratidão, Arceus prometeu ajudar a tornar a terra desolada de Michīna rica e próspera, por isso deu a Damos a Jóia da Vida (命 の 宝玉). Arceus deixou Damos emprestar 16 partes de seu corpo para criar a Jóia da Vida, que seria devolvida em uma data específica. Arceus foi traído quando não foi devolvido e prometeu julgar os humanos quando acordar. Muitos milênios após esses eventos, Satoshi, Hikari e Takeshi chegam à cidade ribeirinha de Michīna (ミ チ ー ナ), cercada pela beleza da natureza. Eles decidem ir às ruínas de Michīna, que estão no cume de uma grande rocha. Há um lago grande e bonito às suas margens e Satoshi e seus amigos ficam fascinados com o lago, mas de repente as ondas começam a se formar no lago e o tornado da água começa a ruir…