No mundo todo as pessoas usam aplicativos em seus smartphones, o que ninguém sabe é que dentro deles habitam criaturas nunca vistas chamadas de “Appli Monsters” ou “Appmon”. Os Appmon são formas de vida artificiais que podem pensar e agir. E vivem no limite existente dentro do mundo real e o espaço digital, o que permite as pessoas interagirem com o sistema. No grande mar de dados que é a internet, o poderoso Leviathan toma para si o controle dos Appmon e insere um vírus que hackeia todos os sistemas. Com isso, passa a controlar o mundo dos humanos de dentro do coração da rede. O protagonista, Shinkai Haru, possui um Appli Drive, e o utiliza para materializar Gatchmon, um monstro proveniente de um aplicativo de busca. Qual é o segredo do Appli Drive? O que será essa extremidade misteriosa que separa o mundo real do virtual onde vivem os Appmon? O que é o “App Combine” que pode combinar com os Appmon? Qual será a verdadeira intenção de Leviathan?