Aki-Sora gira em torno de Aki Aoi e Sora Aoi, um par de perto irmãos que compartilharam um vínculo íntimo desde a infância. Durante a sua vinda de idade, cada um deles chegou a perceber a verdadeira profundidade do amor que sentem um pelo outro e consumar esse amor em segredo. Eles mantêm a sua irmã mais nova, Nami, gêmea de Sora no escuro sobre seu novo relacionamento. Nami, sem noção do que está acontecendo em sua casa visa estabelecer seu irmão com sua melhor amiga, Kana Sumiya. Apesar destas relações, Nami parece ter sentimentos por alguém próximo a ela também, mas os mantém em segredo.