Na história, uma frota de Nevoeiro carregado com super armas de repente aparecem em todo o mundo. Sem a capacidade de resistir a esta frota, a humanidade foi derrotado e já não podia viajar pelos mares. 17 anos após a guerra naval devastador, Chihaya Gunzou e seus amigos de alguma forma comandar uma frota de submarinos Fog e renomeá-lo I-401. Juntamente com Iona, elas assumem a frota de Fog.