A história de Zettai Karen Children ocorre no século XXI quando ficou comum a existência de pessoas com poderes especiais chamados de ESPer, até se tornarem uma presença muito importante para a economia, poder militar e diplomacia do país. Entre os ESPers, Akashi Kaoru, Nogami Aoi e Sannomiya Shiho, 3 garotas de 10 anos, carregam a chave para o futuro do país. Elas são “The Children”, por terem um raro poder classificado como “nível 7”, o nível mais poderoso. Único problema nelas é que possuem diversos problemas de personalidade e se falhar na educação, podem até virar uma ameaça no futuro. Para resolver este problema, o cientista Miyamoto de 20 anos foi contratado para educá-las.