A operação Phantom Flame terminou, e o império Abh considerou como sendo completo sucesso. Enquanto a frota espacial dos Abh se espalha para capturar territórios e destruir todas as frotas adversárias restantes, Lafiel e Jinto viajam ao planeta-prisão Lobnas II para executar deveres diplomáticos, e descobrem que está em um estado de caos. Enquanto Jinto tenta negociar com os representantes do planeta, uma revolta eclode entre os prisioneiros e os guardas. Enquanto Seikai no Senki era uma série mais orientada a ação, em que o enredo gira na maior parte ao redor uma batalha espacial épica, Seikai no Senki II acalma as coisas ao mudar o foco para um lado mais político, por assim dizer.