Segunda temporada, Zero volta após seu desaparecimento da academia. Apesar de seu alívio, Yuuki, cujo passado ainda está envolta em mistério, quer saber o que exatamente aconteceu com Zero durante a separação. Como Zero continua tendo a visão estranha que apareceu desde o dia em que ele bebeu o sangue de Kaname, ele visita o já despertou Maria Kurenai em uma tentativa de encontrar respostas. Ela só lhe proporciona uma resposta enigmática, que sugere que o verdadeiro inimigo realmente poderia ser. Enquanto isso, os vampiros do Vampiro Supremo Conselho chegar à academia, a fim de punir Zero com a morte de seu pecado de matar um puro-sangue. No entanto, intervém Kaname com a decisão do Conselho, não só com a intenção de salvar Zero, mas com outro propósito para todos ao seu redor.