A história se passa em Akihabara, no Verão de 2010, um ano após os acontecimentos de Chaos;Head terem ocorrido, onde um grupo de amigos desenvolvem um dispositivo que transmite mensagens para o passado. Enquanto este grupo realiza os seus testes e experiências, uma organização chamada SERN que vem a tempos fazendo experimentos sobre viagens no tempo descobre o que este grupo de amigos conseguiu fazer, então a disputa por essa tecnologia e por suas vidas começa.O Anime é centrado em Mizutani Shizuku, uma garota que não se interessa em praticamente nada além da escola e seus planos para o futuro.Um garoto chamado Yoshida supostamente sentaria ao lado dela na sala de aula, mas ele falta constantemente por vários motivos desde o primeiro dia. Ela por acaso é enviada para entregar comunicados a ele, e isso leva Yoshida a acreditar que são amigos.