Shuji e Chise são dois alunos do ensino médio de Hokkaido que acabaram de começar um relacionamento. Então, sem aviso prévio, um esquadrão de bombardeiros de um país desconhecido destrói a cidade de Sapporo. Toda a esperança esta perdida quando de repente, os bombardeiros são destruídos por uma pequena luz vermelha que flui pelo céu. Assim, Shuji descobre que o responsável pela eliminação das forças inimigas é Chise, que se revela ser um cyborg projetado para destruição em massa.