A história de Sakura Taisen situa-se em um Japão pré-guerra em uma realidade alternativa aonde os japoneses acabaram de sair de uma guerra chamada Guerra Demoníaca, na qual criaturas bestiais de outra dimensão tentavam dominar o Japão. Para combater tal ameaça foi criado o Counter Demon Force ou simplesmente CDF, e conseguiram derrotar o mal no ano de 1918. Porém em 1922 as forcas demoníacas tentavam desferir um novo ataque, contudo Ikki Yoneda um dos lideres do CDF já preparava suas defesas. Esse novo exercito contava agora com novas armas desenvolvidas pelas industrias.