O Mundo Azul, que simboliza a razão, está sob constante ataque das criaturas chamadas a Nightfly O'Note, provenientes do Mundo Vermelho, simbolizando o instinto. Akira Asagi, que é pesquisadora no Mundo Azul, é escolhida para liderar a guerra em Ryuukyuu LAG, uma orgulhosa instalação de defesa nas ilhas de Ishigaki e Iriomote. Ela conhece a sexta unidade de combate "IS", que se formou quatro anos após uma feroz batalha que aniquilou a quinta unidade. Akari deve liderar estes seis pilotos, também chamados de Scared Rider Xechs, para lutar contra o outro mundo, enquanto, ao mesmo tempo aprofunda o relacionamento entre eles.