À medida que a estação muda da primavera para o verão, Makoto Yuuki permanece ao lado do Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES). A equipe continua a derrotar os Shadows grandes e pequenos, mas eles agora colidem com um novo inimigo: Strega, um grupo de usuários malvados do Persona que desejam manter a Dark Hour a seu favor - parece que a Strega pode ter uma pista da Dark Hour. verdadeira natureza. Enquanto VÊ gosta de férias de verão em Yakushima, eles são acompanhados por Aegis, um andróide amnésico projetado para destruir sombras. Embora ela se mostre uma poderosa aliada, ela é inexplicavelmente atraída por Makoto e constantemente permanece ao seu lado. À medida que se aprofundam nos mistérios da Hora das Trevas, a natureza da conexão misteriosa que une esses dois está lentamente desvelada.