Um grupo de 15 estudantes colegiais de elite são reunidos em um colégio muito especial. Se graduar neste colégio significa que você essencialmente terá sucesso na vida, mas se graduar é muito difícil. O colégio é dirigido por um urso chamado Monokuma, e ele explica que se graduar gira em torno de cometer um assassinato. O único jeito de se graduar é matando um de seus colegas de classe e se safar. Se outra pessoa descobrir a identidade do assassino, o assassino será executado. No entanto, se falharem em pegar o assassino, apenas o assassino se graduará e os outros são punidos. Qual dos 15 sobreviverá ao banho de sangue que está por vir?