A história de Flame of Recca envolve um grupo de jovens que, no Japão moderno, lutam fazendo uso de poderes especiais criados por ninjas antigos. O personagem principal, Recca Hanabishi, tem ligação direta com um clã ninja que foi extinto misteriosamente por Oda Nobunaga em 1576. Recca Hanabishi é um ninja, mas é quase morto em um acidente. No entanto, uma garota chamada Yanagi cura-o com seus poderes. Mais tarde, os dois são perseguidos por uma mulher que os ataca. Ela diz a Recca para inflamar a sua chama, mas ele é um ignorante...