Os acontecimentos de FMP - The Second Raid ocorrem dois meses após o final de Full Metal Panic. A Mithril descobriu a existência de uma organização capaz de duelar contra o modo ECS (Electronic Cloaking System) e que também possuem as "Black Technology", obtidas dos "Whispered". Essa organização é chamada de Amalgam e ela está atrás dos "Whispered's". Sendo assim, Kaname Chidori é um alvo em potencial e é por isso mesmo que, para a (in)felicidade de Kaname, Sousuke Sagara é designado para protege-la mais uma vez!