Em um futuro próximo, uma elevação repentina e inexplicável do nível do mar deixou grande parte da civilização humana submersa. Ikaruga Natsuki, um garoto que perdeu a mãe e a perna em um acidente alguns anos antes, retorna desiludido de uma vida dura na cidade grande para encontrar sua antiga casa no campo meio engolida pelo mar. Deixado sem uma família, tudo o que ele tem em seu nome é o navio e o submarino deixados para ele por sua avó oceanóloga, e suas dívidas. Sua única esperança de restaurar os sonhos para o futuro que ele perdeu é aproveitar uma oportunidade apresentada a ele pela suspeita cobradora de dívidas Catherine. Eles zarparam para vasculhar as ruínas submersas do laboratório de sua avó para encontrar um tesouro que, segundo rumores, ela deixou lá. Mas o que eles encontram não são riquezas ou joias; é uma garota estranha dormindo em um caixão no fundo do mar. Atri. Atri é um robô, mas sua aparência e sua riqueza de emoções enganariam qualquer um a pensar que ela é um ser humano vivo e respirante. Em gratidão por ter sido salva, ela faz uma declaração a Natsuki: "Quero cumprir a ordem final do meu mestre. Até que eu faça isso, serei sua perna!" Em uma pequena cidade que está sendo lentamente envolvida pelo oceano, um verão inesquecível está prestes a começar para esse garoto e essa misteriosa garota robô...