Há 500 anos, havia dois clãs encarregados de manter o equilíbrio entre as forças da luz e das trevas: as Bruxas de Umbra e os Sábios de Lumen. Mas a guerra entre os clãs acabou levando ambos à ruína. Agora, na época moderna, a bruxa Bayonetta despertou para retomar a caça aos anjos, mas ela não tem memória do seu passado. Porém, o último sobrevivente dos sábios, Balder, pode guardar a chave de todos os mistérios.