Makoto Mizuhara está trabalhando em seu mais recente experimento no laboratório de ciências da escola, mas quando ele faz uma pausa ao longo da vida o seu rival Katsuhiko Jinnai aparece e tentativas de destruir o dispositivo e desacreditar Makoto. Isso sobrecarrega o experimento e transporta Makoto, Jinnai, sua irmã Nanami e seu professor Sr. Fujisawa para o mundo estranho e magnífico El Hazard. Makoto e Fujisawa pousar diretamente no Reino de Roshtaria e, rapidamente, fazer amizade com a princesa Rune Venus. Jinnai alia-se com o Bugrom, uma raça de insetos gigantes empenhados em assumir El Hazard, enquanto sua irmã tenta ganhar a sua própria vida no deserto. Makoto procura desesperadamente uma maneira de voltar para casa, o tempo todo lutando contra o Bugrom, contando com a ajuda dos Santos Sacerdotisas, e parar o deus demônio Ifurita de destruir tudo.