O filme gira em torno de uma garota misteriosa chamada Éclair que aparece antes da Fairy Tail, a mais famosa guilda dos bruxos do mundo. Ela perdeu todas as suas memórias, exceto pelo imperativo de entregar duas pedras de fênix em algum lugar. As pedras podem significar o colapso do mundo mágico, e Natsu, Lucy e o resto da guilda Fairy Tail são apanhados na intriga.