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A história gira em torno de Haruka Nanase, um menino que sempre gostou de ser imerso em água, e nadar nela. Antes de se formar na escola primária, ele participou de um torneio de natação, juntamente com seus companheiros de clube de natação, Makoto Tachibana, Hazuki Nagisa, e Rin Matsuoka. Depois de alcançar a vitória, cada um dos rapazes seguiram caminhos separados. O tempo passou, e no meio de sua monótona vida escolar Rin aparece e desafia Haruka para um jogo, mostrando Haruka seu poder esmagador. Não querendo que acabasse assim, Haruka, reúne Makoto e Nagisa mais uma vez e traz um novo membro chamado Rei Ryugazaki para criar o Clube de Natação da Escola Secundária Iwatobi para derrotar Rin.