Genshiken segue a vida de um grupo de estudantes universitários unidos pelos seus hobbies, e as provações e aventuras recorrentes na vida de um otaku. A história começa com a introdução de Kanji Sasahara, um calouro tímido e sem auto-confiança que, no dia dos clubes na universidade, decide participar de um clube que ele realmente goste, Genshiken. Durante seus quatro anos na Universidade, Sasahara passa a aceitar a si mesmo por quem ele é e perde a inibição e culpa que tinha e se associa à cultura otaku, tornando-se um membro entusiasta do clube, e por um tempo, um competente presidente do clube.