Misteriosas criaturas voadoras conhecidas como Zai aparecem de repente e, para combater as criaturas, a humanidade cria aviões de combate chamados “Daughters”, assim como o mecanismo automático de luta “Anima”, que tem a forma de meninas humanas. A história desenrola-se à volta de um jovem chamado Kei Narutani, que anseia por voar no céu, e uma Anima considerada o trunfo da humanidade, chamada Guripen.