A história se passa durante Junho de 1983, numa vila rural fictícia chamada Hinamizawa (baseada na vila de Shirakawa, Gifu) que possui a população de aproximadamente 2000 habitantes. O personagem principal da série, Keiichi Maebara, se muda para uma vila chamada Hinamizawa e se torna amigo de suas colegas de classe: Rena Ryuugu, Mion Sonozaki, Rika FurudeSatoko Hoojoo. Keiichi se junta as atividades do clube após a escola, que consistem, na maioria das vezes, em jogos de cartas ou tabuleiro. A vila de Hinamizawa, aparentemente é normal e pacífica. Entretanto a tranquilidade termina quando é iniciado o festival anual Watanagashi, que comemora e agradece ao deus local, Oyashiro-sama.