A história se passa 300 anos depois do grande conflito entre a Terra e Marte conhecido como a "Guerra da Calamidade". Uma mulher chamada Cordelia sai em uma jornada para a Terra para falar pela independência da cidade marciana de Chryse, que está sob o controle do governo da Terra. Escoltando-a está a empresa de segurança privada CGS, cujo os protagonistas Mikazuki Augus e Orga Itsuka são membros. Quando um grupo chamado Gjallarhorn ataca a CGS e Cordelia, Orga vê isso como uma chance de se rebelar contra CGS e lançar um golpe. Mikazuki e Orga são levados para um novo conflito. Para afastar Gjallarhorn, Mikazuki pilota uma armadura robótica da Guerra da Calamidade, movido por um reator nuclear, o Gundam Barbatos.