Em uma era tecnológica em que o mundo está conectado por meio de uma rede de internet altamente avançada, os seres humanos interagem com unidades de inteligência artificial conhecidas como Net Navis. Instalados em dispositivos portáteis de PET, os seres humanos e Net Navis coexistem entre os mundos real e cibernético como amigos e aliados. Os Net Navis são projetados para várias tarefas, mais especificamente para combater vírus e Net Navis desonestos, operados por sindicatos do crime. Um garoto chamado Netto Hikari recebe seu primeiro Net Navi chamado Rockman e os dois se tornam uma dupla de duelistas insuperável. Juntos, eles frustram os esquemas malignos de criminosos como o World Three e o Netmafia Gospel.