—Você conhece o Nejen? Se você sabe disso, então vou levá-lo lá— O ano é UC 0105. Doze anos se passaram desde o fim da segunda Guerra Neo Zeon (Rebelião de Char). Mesmo depois do “Choque do Eixo”, que parecia indicar o futuro da humanidade e do Século Universal, o mundo ainda está em uma situação caótica, onde conflitos militares intermitentes continuam a eclodir. O governo da Federação da Terra está mais corrupto do que nunca, e sua liderança não apenas acelerou a poluição da Terra, mas também implementou uma política desumana de “Caça ao Homem” na qual os civis são exilados à força para o espaço sideral. A organização governamental anti-Federação “Mafty”, liderada por alguém chamado “Mafty Navue Erin”, tomou uma posição contra a corrupção da Esfera Terrestre. Mafty realiza atos violentos de terrorismo, assassinando altos funcionários do governo da Federação um após o outro, mas ganha certo nível de apoio da população, que se opõe cada vez mais ao governo da Federação. A pessoa que se autodenomina “Mafty” e lidera esta organização é Hathaway Noa, filho de Bright Noa, um oficial das Forças da Federação Terrestre que já participou da Guerra de Um Ano. O próprio Hathaway juntou-se às forças tentando impedir a rebelião de Char. Com conhecimento em primeira mão dos ideais e ideologias de Amuro Ray e Char Aznable, ele se tornou um guerreiro seguindo seus passos e planeja abrir caminho através da resistência armada. Seu destino, no entanto, é drasticamente alterado quando ele encontra o oficial das Forças da Federação Kenneth Sleg e uma jovem e misteriosa beleza chamada Gigi Andalucia.