Em um Japão feudal alternativo, a 100 anos que insetos gigantes conhecidos como "Mushi" começaram a aparecer e atacar as pessoas e, desde então, eles trazem o terror e a morte para o país. Para combater a ameaça do Mushi, o shogunato estabeleceu o Magistrado Mushi (Mushibugyou), cujo o único propósito é reunir guerreiros fortes o suficiente para lutar contra eles. A história segue Jinbei Tsukishima, um samurai jovem e alegre, que é o mais novo membro da Mushibugyou, atendeu a uma convocação feita a seu pai pelo juiz, pois como ele não é capaz de lutar mais, Jinbei tem a responsabilidade de proteger Edo dos Mushis em seu lugar.