À meia-noite, a Hora das Trevas aparece - uma hora secreta da qual a maioria não tem consciência. Aqueles que não estão presos em caixões durante esse tempo, infelizes o bastante para se verem conscientes, são encontrados por criaturas perigosas conhecidas como Sombras. Um grupo seleto, no entanto, possui o potencial de exercer Persona: um poder especial usado para derrotar esses seres. Este grupo secreto é chamado SEES (Specialized Extracurricular Execution Squad), e sua missão é descobrir a razão por trás da aparência da Dark Hour. Pouco tempo depois da transferência, o estudante Makoto Yuuki inicia sua residência no Iwatodai Dorm, seu Persona desperta após um ataque de uma forte Sombra. Agora recrutado para as fileiras do SEES, ele começa a lutar ao lado de seus companheiros, já que só eles podem proteger a humanidade das Sombras e evitar a anomalia que é a Hora das Trevas.