"Eu meio que entendo agora ... Você tem medo de perder as coisas, certo?" A estação se transforma em outono. A luta do protagonista e seu grupo S.E.E.S. com os estranhos monstros chamados "Shadows" está chegando perto do fim. Makoto e seus aliados se envolvem em batalhas de vida ou morte com Shadows para acabar com a Hora das Trevas. Através das batalhas, alguns devem enfrentar a morte de amigos e familiares, alguns devem perceber quais coisas preciosas devem ser protegidas, e alguns devem encontrar significado nas batalhas que ocorreram. Na frente de Makoto, o misterioso estudante transferido Ryouji Mochizuki aparece. Quando o grupo cumprimenta uma nova manhã, as engrenagens do destino começam a girar. Uma luta gira em torno de cada um dos laços dos heróis começa ...