Mii Snowdon é deixada sozinha depois que seu pai desaparece enquanto investigava o misterioso Pokémon em forma de letra chamado Unown. A única pista para o desaparecimento de seu pai é uma caixa contendo vários ladrilhos. Enquanto brinca com essas peças, Mii deseja ver seu pai novamente, e esse desejo desperta os Unowns - que invocam o lendário pokémon Entei, parecido com um leão, para agir como seu pai. Enquanto isso, Satoshi segue para Greenfield com seu fiel companheiro pokémon, Pikachu, para se encontrar com seus amigos, Kasumi e Takeshi. Ao chegarem ao local, ficam chocados ao encontrar o local cristalizado. Eles aprendem rapidamente que os Unowns são os responsáveis por isso, e que eles precisarão ser derrotados para restaurar Greenfield à sua antiga beleza. A situação se torna pessoal quando a mãe de Satoshi é sequestrada por Entei. Para descobrir porque sua mãe foi levada embora, Satoshi, junto com seus amigos e pokémons, deve viajar pela paisagem cristalizada para enfrentar Entei e os Unowns.