Enquanto continuam sua jornada pela região de Johto, Satoshi e seus amigos visitam Altomare, uma cidade-ilha que hospeda um evento anual de corrida chamado Pokémon Water Race. Enquanto Takeshi e Kasumi estão se divertindo, coisas estranhas parecem estar acontecendo com Satoshi - ele de alguma forma perde a corrida aquática, vê algumas mulheres atacando uma garota com seus Pokémon e, apesar de elas a terem salvado, a garota mais tarde nega ter visto Satoshi e Pikachu antes ! Felizmente para Satoshi, sua confusão desaparece quando ele descobre que a garota que ele e Pikachu salvaram antes era na verdade uma Pokémon chamada Latias, que gosta de se disfarçar como seu amigo humano, Kanon. Latias e outro Pokémon, Latios, são conhecidos como Pokémon Eon, pois habitam e guardam Altomare junto com uma esfera azul mística chamada Soul Dew. Uma antiga lenda de Altomare é altamente conectada ao Pokémon Eon e ao Soul Dew, e é bem conhecida entre os habitantes locais, bem como entre os primeiros assaltantes de Latias, as irmãs ladrões Zanner e Lyon. Enquanto os ladrões tentam capturar o Pokémon Eon e o Soul Dew, Satoshi é forçado a agir para impedi-los de trazer o desastre para Altomare.