Satoshi e seus amigos viajam para LaRousse, onde encontram um garoto chamado Tooi que tem medo de Pokemon devido a um incidente que aconteceu quatro anos antes. Enquanto isso, Deoxys, um Pokémon do espaço, reapareceu, colocando uma barreira pela cidade e sequestrando pessoas. Rayquaza, um Pokémon que vive na atmosfera, vem combatê-lo.