Satoshi e seus amigos se perdem em um deserto desconhecido. Eles finalmente se deparam com um "Water Pokemon Show", realizado pela estrela da Tropa Mariner, Hiromi. Hiromi é uma descendente da trupe do Povo da Água capaz de se comunicar com o pokemon da água, e ela conta aos nossos heróis a lenda que foi passada pelo seu povo por gerações. Segundo a lenda, um templo que o Povo da Água construiu chamado "O Templo da Água Akuusha" fica em algum lugar no oceano, e um tesouro chamado "A Coroa da Água" está escondido lá. Dizem que ninguém nunca viu esse tesouro, mas isso muda quando um Pokémon Ranger chamado Jack Walker (aka Jackie) parece persegui-lo. Jackie está em uma missão secreta que o protege do ovo do líder do pokemon aquático, Manaphy. Este pokemon, chamado "Príncipe do Mar", precisa ser levado ao Templo da Água Akuusha, então Satoshi-tachi e Hiromi decidem ajudá-lo. No caminho, um pirata chamado Phantom ataca nossos heróis de seu grande submarino. Phantom planeja usar o poder da Water Crown para ajudá-lo a conquistar o mundo, mas ele terá que resolver o mistério do ovo de Manaphy primeiro. Quando o Rocket-Dan entra na mistura, Jackie usa seu Capture Styler para emprestar o poder de um pokemon próximo para enfrentá-los. Satoshi e Pikachu entram na briga, mas ainda precisam enfrentar os ataques do poderoso mecha de alta tecnologia do Phantom! De repente, o ovo começa a brilhar com uma luz vívida e Manpahy nasce! Qual é o mistério do tesouro lendário? Que poderes misteriosos Manaphy tem? Satoshi-tachi e Jackie podem completar sua missão secreta? A jornada para chegar ao Templo da Água Akuusha já começou!