Devido ao incrível sucesso do Sistema Sibyl, o Japão começou a exportar a tecnologia para outros países com a esperança de que um dia seja usado em todo o mundo. A fim de testar sua eficácia em um local estrangeiro, o estado devastado pela guerra da União do Sudeste Asiático (SEAUn) decide implementar o sistema, na esperança de trazer paz e estabilidade para a cidade de Shambala Float e manter a população sob controle. No entanto, um grupo de terroristas anti-Sibyl chega ao Japão, e o Ministério de Previdência Social do Ministério do Bem-Estar descobre evidências significativas de que os invasores estão sendo auxiliados por Shinya Kougami, um ex-agente que foi desonesto. Por causa de seu relacionamento anterior, Akane Tsunemori é enviado para a SEAUn para trazê-lo de volta, mas com o último encontro deles no passado, o reencontro pode não acontecer como planejado.