A história se passa em um mundo onde as pessoas estão em guerra contra o "desconhecido", o inimigo da humanidade. As crianças que foram evacuadas há várias décadas para uma instalação de criogenia durante a invasão dos "desconhecidos", acordam de seu sono e descobrem que seus corpos desenvolveram algumas habilidades sobrenaturais. Para proteger o país do "desconhecido" que emerge da baía de Tóquio, os jovens travam batalhas em defesa das cidades de Tokyo, Kanagawa e Chiba.