Segunda temporada, Madoka é a única recruta do colégio Jersey Club, sendo chamada por uma misteriosa garota chamada Lan, que pilota um robô chamado “Vox”, protegendo a cidade de invasores espaciais . Mas um dia, Madoka não está mais sozinha graças a entrada de uma nova garota chamada Muginami. O que difere as duas são suas metas, mesmo nenhuma das duas sabendo qual é seu verdadeiro inimigo e o que o tão falado “Rinne” se trata. O que importa é que elas devem aprender a dominar a cada dia melhor seus robôs, conhecidos como Works.