Himura Kenshin é um andarilho com um passado obscuro. Era um assassino de extrema habilidade que lutou durante a restauração Meiji, mas agora prometeu nunca tirar outra vida, e se dedica a ajudar aqueles que precisam. Suas viagens o leva a Tóquio, no ano 11 da era Meiji, onde faz amizade com uma mestre de Kendo, um ex-ladrão, um lutador e uma médica, todos com seus próprios segredos. Juntos, eles lutam contra os inimigos que surgem do passado sombrio que Kenshin não pode fugir.