No ano de 1939 surgiram os Neuroi. Ninguém sabe de onde vieram ou quais são seis objetivos, mas o fato é que seus ataques tiraram as pessoas de suas vilas e cidades. Para lutar contra eles, a humanidade desenvolve uma nova arma anti-Neuroi chamada de "Unidade Striker". Usando o poder da magia para lutar contra os monstros, este novo dispositivo aumenta e amplifica o poder das usuárias de magia. Para usar este dispositivo, as jovens bruxas de todo o mundo foram reunidas para formar uma unidade de força-tarefa de elite chamada 501ª Junta Aérea, também conhecida como "Strike Witches".