A história começa no futuro distante, nos confins da galáxia. A Aliança Galáctica Humana tem sido constantemente lutando por sua sobrevivência contra uma raça de seres chamados grotesco “Hidiaazu”. Durante uma intensa batalha, o Redo jovem tenente e sua humanóide Câmara arma móvel são engolidos em uma distorção de tempo e espaço. Acordar de sua hibernação induzida artificialmente, Refazer percebe que ele chegou na Terra, o planeta na fronteira perdida. Neste planeta que foi completamente inundado pelos mares, as pessoas vivem em frotas de navios gigantes, salvando relíquias profundezas dos mares, a fim de sobreviver. Redo chega em uma das frotas chamados Gargantia. Sem o conhecimento da história do planeta ou da cultura, ele é forçado a viver ao lado de Amy, uma menina de 15 anos de idade, que serve como um mensageiro, a bordo da frota Gargantia. Para Refazer, que viveu uma vida onde ele não sabe nada, mas luta, nestes dias de paz continuam a surpreendê-lo.