Nesta nova versão, os Thundercats formaram um império no Terceiro Mundo, mas seu nível cultural é semelhante ao da Idade Média. Eles vivem em guerra com os lagartos, liderados por Escamoso. Lion-O é o jovem príncipe herdeiro, é filho do rei Claudus e por tradição deve herdar não só a coroa como a poderosa espada justiceira, na qual está encravado o olho de Thundera. As lendas dizem que os antepassados dos Thundercats possuíam avançada tecnologia e venceram o feiticeiro Mumm-Ra, ficando livres para fundar o reino de Thundera. Entretanto, a tecnologia se perdeu e muitos até duvidam das lendas. O rei Claudus manda seus dois melhores oficiais, Panthro e Grune, em uma longa busca pelo Livro dos Presságios, cujos segredos podem esclarecer o passado de sua raça, mas Grune trai Panthro ao encontrar o lendário Mumm-Ra vivo e mata o velho companheiro de batalhas em troca do poder que o feiticeiro lhe oferece. Aliando-se aos lagartos, Mumm-Ra e Grune lhes oferecem a antiga tecnologia para construírem armas superiores e aniquilarem Thundera. Em um ataque fulminante, eles exterminam os Thundercats e matam Claudus. Lion e seu irmão Tygra sobrevivem, auxiliados pelo sábio Jaga e sua aluna, Cheetara. Jaga lhes diz para encontrarem o livro e se sacrifica para que tenham tempo de fugir do exército dos lagartos. Lion e sua equipe se completam com as crianças Willykat e Willykit, além do general Panthro, que havia sobrevivido e usado a tecnologia ancestral para construir o poderoso Thundertank. Cada episódio encerra uma lição que Lion deve aprender para que possa se tornar um grande líder e derrotar os inimigos, seguindo o conceito do primeiro seriado.